Franklin County är ett administrativt område, county, i delstaten Idaho, USA. År 2010 hade countyt 12 786 invånare. Den administrativa huvudorten (county seat) är Preston.
Countyt grundades 1913 och fick sitt namn efter Benjamin Franklin.
Enligt United States Census Bureau så har countyt en total area på 1 731 km². 1 723 km² av den arean är land och 8 km² är vatten.